1962年5月，“地质部华东地质科学研究所”正式成立。1978年4月，更名为“国家地质总局南京地质矿产研究所”。1979年11月，更名为“地质部南京地质矿产研究所”。1983年1月，更名为“地质矿产部南京地质矿产研究所”。1999年，划归中国地质调查局管辖。 2000年11月，更名为“南京地质矿产研究所”。 2003年10月，在南京地质矿产研究所改组的基础上成立“中国地质调查局南京地质调查中心”。2006年12月，经中央编办批复，同意南京地质矿产研究所更名为“中国地质调查局南京地质调查中心”，加挂“南京地质矿产研究所”牌子。2017年5月，经中央编办批复，同意“中国地质调查局南京地质调查中心”加挂的“南京地质矿产研究所”调整为“华东地质科技创新中心”。

中国地质调查局南京地质调查中心（华东地质科技创新中心）属于国家一类事业单位，现隶属于自然资源部中国地质调查局，是集地质调查、科学研究、项目管理、信息服务于一体的国家公益性地质调查单位。在国内，主要承担国家基础性、公益性、战略性地质调查任务；承担华东地区（上海、江苏、浙江、福建、江西、安徽及台湾等六省一市）中央公益性地质调查项目的组织管理、监督工作；承担华东地区中央公益性地质调查项目资料信息的接收、保管和服务工作；为国家和地方政府提供地质调查成果，为自然资源规划、管理、保护和合理利用等提供基础支撑，为经济社会可持续发展提供资源和环境基础保障，为社会公众提供地学信息服务。在国外，主要承担拉丁美洲-大洋洲国家间地学合作项目，服务于“一带一路”建设和中资企业“走出去”。

南京中心内设机构24个。14个职能处室：办公室、人事教育处、财务资产处、装备处（基建办）、安全保密处、科学技术处（质量管理办公室）、党委办公室、监察审计处、物业管理部、离退休干部处、华东地区地质调查项目管理办公室（下设规划处、技术处、经济处、成果处）等。10个业务部门：基础地质室（台湾地质研究室）、水文地质环境地质室、城市地质室、海岸带与第四纪地质室、境外地质室、能源地质室、信息室、勘查技术室、实验测试室、光谱探测地质仪器研发中心等。

经批准，“中国地质调查局城市环境地质研究中心”、“中国地质调查局南京仪器维修研制中心”、“中国地质调查局拉丁美洲-大洋洲地学合作研究中心”、“自然资源部城市地下空间探测与安全利用工程技术创新中心”分别于2000年12月、2001年4月、2016年9月、2019年2月在南京中心挂牌成立。“江苏省光谱成像仪智能感知重点实验室”、“中国地质调查局光谱探测地质仪器研发重点实验室”分别于2011年9月、2012年10月在南京中心挂牌成立。确定了城市地质调查与地下空间探测、沿江沿海“T”型带生态文明建设与资源环境承载能力评价、东南沿海地质构造演化及能源资源等3大领域12个创新方向；形成了城市地质与地下空间探测、资源环境承载能力评价、生态地质调查与自然资源综合评价、下扬子页岩油气研究、火山地质与深部找矿、光谱探测仪器研发等有较大影响力的创新团队。

南京中心拥有一支技术力量雄厚、队伍素质过硬、科研调查成果显著的专业性地质调查队伍。中央编制办批准南京中心编制为330人。截止2019年2月,现有在职职工276人，离退休人员228人（含离休人员6人）。在职职工中专业技术人员267人，占96.7%。具博士学位45人，具硕士学位132人，具本科学位72人，大学专科及以下27人，其中研究生以上的占64.1%。高级职称136人（其中正高级47人），中级职称102人，初级职称及以下38人，其中高级职称的人员占49.3%。

南京中心现有35岁以下人员85人， 36-45岁100人，46-55岁49人，55岁以上42人，45岁以下的中青年占67%。

南京中心配置有重力、磁法、电法、地震、测井、交通、通讯、GPS、GIS、北斗系统、办公和资料管理等方面的设备及其相辅助设备、软件。具有承担区域地质调查、矿产地质勘查、水文地质勘查、工程地质勘查、环境地质勘查、油气地质勘查、灾害地质调查、城市地质调查、海岸带及第四纪地质调查、地球物理勘查、地球化学勘查、遥感地质调查、仪器维修研制、信息技术、数据库建设、岩矿鉴定和实验测试等方面工作的能力。此外还具有中国实验室合格评定委员会颁发的计量认证、实验室认可证书。

南京中心与美国、加拿大、德国、墨西哥、秘鲁、巴西、委内瑞拉、阿根廷、澳大利亚、东帝汶、巴布亚新几内亚、日本、韩国、菲律宾及国际原子能机构等国家和国际组织开展项目合作和技术交流。与台湾地区、香港地区有关院校建立了良好的业务交往与合作关系。与南京大学、吉林大学、中国地质大学（武汉）、合肥工业大学、成都理工大学等院校共建博士、硕士研究生联合培养基地。

南京中心创办有南京地质调查中心专业网站，主办的《华东地质》刊物已被《中国学术期刊（光盘版）》、《中国期刊网》、《中国科技期刊数据库》和《中国数字化期刊群》全文收录，成为《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》源刊、科技部中国科技论文统计源期刊，在国内外地学界具有一定的影响。

南京中心自成立以来，共承担地质调查及科研项目550余项，提交各类地调科技成果420余项，出版成果专著120部，获国家、部、省级等各类成果奖205项。

南京中心获国务院特殊津贴15人，李四光地质科学奖1人，全国海洋资源与环境科学首席传播专家1人，财政部全国会计领军（后备）人才1人，部首席科学传播专家1人，部高层次科技创新领军人才1人，部杰出青年科技人才1人，部优秀青年科技人才1人，部先进个人1人，局杰出地质人才2人，局优秀地质人才3人，局杰出青年1人，局高层次地质人才1人，局青年优秀人才8人，局中青年人才1人，局青年地质英才1人。第五期“江苏省三三三人才培养工程”5人，江苏省333工程突出贡献奖1人，江苏省有突出贡献中青年专家3人，黄汲清地质科学奖1人，中国地质学会金锤奖1人，中国地质学会银锤奖3人，中国地质矿产经济学会优秀中青年地矿经济研究人才“银星奖”1人，在宁部属科技创新标兵1人，江苏省优秀地质工作者1人，江苏省优秀地质科技工作者3人。

南京中心获得江苏省文明单位、江苏省五一劳动奖状、江苏省“工人先锋号”、原国土资源系统“十五”科技工作先进集体、南京市无职务犯罪先进单位等一系列荣誉称号。